کروماتوگرافی یونی (Ion chromatography) نوعی کروماتوگرافی مایعی است که در نتیجه برهمکنشهای یونی صورت میگیرد. در این روش بین فاز متحرک، که معمولا به صورت محلول و حاوی نمونه ای است که دارای اجزاء قابل یونیزه می باشد، و فاز ساکن، که باردار است، به صورت تعادلی و برگشت پذیر تبادل یون انجام می شود.
فاز ساکن و متحرک هر دو قطبی هستند. فاز ساکن از پلیمر های سنتزی شامل گروه های متصل باردار تشکیل شده است که این گروه های باردار می توانند گروه های آنیونی یا کاتیونی باشند.
تبادل یونی کاربردهای مختلفی دارد و می تواند به عنوان کاتالیزور نیز استفاده گردد. زمینه های اصلی صنایع غذایی که در آنها از فرآیند تبادل یونی استفاده می شود عبارتند از: شکر، محصولات لبنی و تصفیه آب.همچنین برای بازیابی، جداسازی و خالص سازی مواد بیوشیمیایی و آنزیم ها به کار گرفته شده و در حال حاضر در صنعت نوشیدنی برای بررسی و آنالیز آبمیوه ها و انواع نوشیدنی ها معرفی شده است.